Filetype PDF | Posted on 21 Jan 2023 | 2 years ago
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digital resources
109x Filetype PDF File size 0.39 MB Source: cran.r-project.org
Package‘AHMbook’
October 12, 2022
Type Package
Title Functions and Data for the Book 'Applied Hierarchical Modeling
in Ecology' Vols 1 and 2
Version 0.2.6
Date 2022-05-05
Depends R(>=2.10)
Imports grDevices, graphics, methods, stats, utils, plotrix, raster,
sp, fields, coda, unmarked (>= 0.12.2), mvtnorm, spdep
Suggests RandomFields
BugReports https://github.com/mikemeredith/AHMbook/issues
Description Provides functions to simulate data sets from hierarchical ecological models, includ-
ing all the simulations described in the two volume publication 'Applied Hierarchical Model-
ing in Ecology: Analysis of distribution, abundance and species rich-
ness in R and BUGS' by Marc Kéry and Andy Royle: volume 1 (2016, ISBN: 978-0-12-801378-
6) and volume 2 (2021, ISBN: 978-0-12-809585-0), ),
Centre for Ecology & Hydrology [dtc, cph] (UKmarbledWhite,
),
Dutch Centre for Field Ornithology (Sovon) [dtc] (wagtail,
),
eMammal[dtc](MesoCarnivores, ),
Joint Nature Conservation Committee (JNCC) [dtc, cph] (UKmarbledWhite,
),
Swiss Federal Statistical Office [dtc, cph] (BerneseOberland,
),
Swiss Foundation KORA Carnivore Ecology and Wildlife Management (SCALP
project) [dtc] (EurasianLynx, ),
Swiss Ornithological Institute [dtc] (),
UKButterflyMonitoringScheme(UKBMS)[dtc,cph](UKmarbledWhite,
)
Maintainer Mike Meredith
Repository CRAN
Date/Publication 2022-06-14 11:50:02 UTC
Rtopics documented: 3
Rtopics documented:
AHMbook-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
BerneseOberland . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
bigCrossCorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
ch2marray . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Color Ramps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
crestedTit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
crossbillAHM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
cswa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
data.fn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
dragonflies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
duskySalamanders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
e2dist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
EurasianLynx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Finnmark . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
fitstats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
FrenchPeregrines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
getLVcorrMat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
graphSSM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
greenWoodpecker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
HubbardBrook . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
image_scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
issj.sim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
map.Nmix.resi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
MesoCarnivores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
MHB2014 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
modSelFP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
piFuns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
playRN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
plot_Nmix_resi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
ppc.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
sim.fn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
sim.ldata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
sim.pdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
sim.spatialDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
sim.spatialHDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
sim3Occ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
simCJS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
simComm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
simDataDK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
simDCM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
simDemoDynocc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
simDM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
simDSM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
simDynocc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
simDynoccSpatial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
simDynoccSpatialData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
4 Rtopics documented:
simExpCorrRF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
simFrogDisease . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
simHDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
simHDSg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
simHDSopen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
simHDSpoint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
simHDStr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
simIDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
simMultMix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
simNmix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
simNmixSpatial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
simNpC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
simOcc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
simOccSpatial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
simOccttd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
simPH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
simpleNmix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
simPOP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
simPPe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
simSpatialDSline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
simSpatialDSte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
spline.prep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
spottedWoodpecker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
standardize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
SwissAtlasHa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
SwissEagleOwls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
SwissMarbledWhite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
SwissSquirrels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
SwissTits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
treeSparrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
ttdPeregrine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
UKmarbledWhite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
valid_data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
wagtail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
waterVoles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
wigglyLine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
wigglyOcc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
willowWarbler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
zinit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
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